В 2035 году чудовищный вирус, не поддающийся лечению, почти полностью истребил человечество. В живых остались лишь 1% населения, и они вынуждены уйти жить под землю. Чтобы исправить ситуацию и дать землянам шанс на дальнейшее восстановление, выдающиеся умы "подполья" организуют путешествие на машине времени. Уголовника (Джеймс Коул) выбирают добровольцем. Он должен отправиться в прошлое и помочь ученым устранить источник страшной пандемии, а также раскрыть загадку общества "12 обезьян", распространившего вирус.